在遠離大都會的小山村，住著巫女世家出身的高中女孩宮水三葉（上白石萌音配音）。校園和家庭的原因本就讓她充滿煩惱，而近一段時間發生的奇怪事件，又讓三葉摸不清頭腦。不知從何時起，三葉在夢中就會變成一個住在東
天地靈氣孕育出一顆能量巨大的混元珠，元始天尊將混元珠提煉成靈珠和魔丸，靈珠投胎為人，助周伐紂時可堪大用；而魔丸則會誕出魔王，為禍人間。元始天尊啟動了天劫咒語，3年后天雷將會降臨，摧毀魔丸。太乙受命將靈珠托生于陳塘關李靖家的兒子哪吒身上。然而陰差陽錯，靈珠和魔丸竟然被掉包。本應是靈珠英雄的哪吒卻成了混世大魔王。調皮搗蛋頑劣不堪的哪吒卻徒有一顆做英雄的心。然而面對眾人對魔丸的誤解和即將來臨的天雷的降臨，哪吒是否命中注定會立地成魔？他將何去何從？
正在調查墜落在太平洋上的不明飛行物體的海上自衛隊二尉有動貴文（大澄賢也），遇到了突然出現的藍光，受發光體的影響，導致遺傳因子標準的變質，變成了兇惡的怪獸THEONE。之后，他（THEONE）從防衛廳內的特殊機關BCST（對生物工程學的研究機關）的監視下逃走，從此就沒了音訓。另一方面，航空自衛隊F15J飛行員真木舜一（別所哲也），為了多點時間陪伴患有先天性疾病的兒子繼夢決定辭去官職。在最后一次飛行中真木與“紅色發光體”在空中相遇。這是theone事件后3個月發生的事情。但是真木奇跡般地生還，然后轉職成為了民
高中生日暮竇子（鈴川紗由配音）擁有看見其他人內心顏色的能力，她憧憬著同學作永君（高石明里配音）身上亮麗的色彩。作永退學后，竇子在小鎮的舊書店找到了她，并結識了同樣擁有明亮色彩的少年影平路易（木戶大圣配
少年牧真人的母親葬身火海后，他隨父親與繼母組成新家庭。深陷悲傷的真人陰郁孤僻，難以融入新環境。一次意外，他跟隨一只會說話的蒼鷺闖入廢棄的神秘塔樓，卻不料進入了奇幻的“亡靈世界”，開始了一場不可思議的冒險……影片片名致敬了小說家吉野源三郎在1937年發表的同名著書，但電影故事由宮崎駿原創。