鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發出挑戰。這位壞脾氣的大叔斥巨資制造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號，并以鑲嵌有名貴寶石“天空的貴婦人”的戒指作賭注，邀請基德前來挑戰，看他能否在東京到大阪的這6小時時間內完成這項困難的任務。柯南、小蘭等人理所當然也接到邀請，甚至電視臺的人也興師動眾前來。隨著時間的流逝，雙方的對決悄悄展開。另一方面，恐怖組織紅色暹羅貓也登上了飛船。此前不久，紅色暹羅貓襲擊了國立東京微生物研究所，并盜走一種致命的病毒。本片根據青山剛昌的同名漫畫改編，是該動畫的第14部劇場版。
雖然患有心臟方面的疾病，但是少年翔（神木隆之介配音）的父母依然對他疏于呵護。為了準備即將到來的手術，翔來到了位于偏遠鄉間的姨婆（竹下景子配音）家靜養。姨婆家位于一片幽靜的叢林中，這是一幢有著上百年歷史的歐式別墅。這里除了生活著姨婆和女傭阿春（樹木希林配音）外，還有一個奇特的三口之家，“借東西一族”——小人阿莉埃蒂（志田未來配音）和她的爸爸（三浦友和配音）媽媽（大竹忍配音），他們生活在別墅的地板下，只有幾公分高，過著不為人類察覺的生活。遇到所需的日常用品時，便會在夜深人靜之時偷偷潛入廚房借出來。翔無意中瞥見
距圣誕節僅有8天時間，SOS團在涼宮春日的號召下，不出意料地策劃了一場圣誕狂歡派對。但就在12月18日這天早晨，阿虛卻發現周圍的世界有了些許變化。1年9班消失不見，朝比奈學姐視其形同路人，甚至早已死去的朝倉也代替涼宮春日坐在了阿虛的后面，而春日則如同人間蒸發一般無人知曉。當他沖向SOS團的教室時，只看到了孤零零坐在角落里看書的長門有希，一向淡定自若、冷如冰霜的長門大神也變成了怯懦害羞的乖乖女。從前一日長門留下的蛛絲馬跡中，阿虛判斷出這個世界似乎被某人重組了一番。此時的阿虛，握有連接兩個絕然不同世界的鑰匙，