2044年的紐約，大反派朗格勾結外星惡勢力試圖毀滅地球，大量外星人通過神秘傳送門入侵，將城市化為灰燼。忍者神龜們雖負隅頑抗仍不敵敵人攻勢，死傷慘重。懷抱著忍者最強武器——希望，忍者神龜們決定回到過去時空，找到開啟傳送門的鑰匙，阻止朗格，恢復世界和平。李奧納多的弟子凱西肩負起這一使命，他在過去時空與女記者艾普利爾·奧尼爾成功接頭，并和忍者神龜李奧納多、米開朗基羅、拉斐爾、多納太羅匯合，開啟了拯救世界的行動。“我們的未來，我們自己做主”忍者神龜們向朗格發起了終極挑戰。
如果是為了你的話，我可以成為任何東西——。繼2018年秋劇場上映的《Re:從零開始的異世界生活MemorySnow》之后，動畫完全新作篇章第2彈。女主角愛蜜莉雅與精靈帕克相遇，被召喚至羅茲瓦爾宅邸之前的故事。描寫一直生活在艾利歐魯大森林的愛蜜莉雅面臨露格尼卡王國王選之前的故事，TV系列的前日譚。
四個情同手足的烏龜少年一直生活在隱秘的下水道中，在師父（成龍配音）的訓練下，他們成為了功夫高超的“忍者神龜”，渴望被人類接納的四小只，在人類朋友艾普的幫助下，開始追蹤一個神秘的犯罪集團，但隨著一支強大變種生物軍隊的降臨，同樣屬于變種生物的忍者神龜們知道，這下大麻煩來了……