故事發生在繁榮昌盛的尼羅河畔，在天神荷魯斯（尼古拉·科斯特-瓦爾道 Nikolaj Coster-Waldau 飾）的和平統治之下，百姓們安居樂業，生活在一片祥和之中。然而好景不長，邪惡的黑暗之神賽特（杰拉德·巴特勒 Gerard Butler 飾）利用陰謀詭計奪走了荷魯斯的王座和雙眼，將他驅逐囚禁，賽特生性殘暴而好戰，很快，整個國家陷入了混亂之中。　　貝克（布蘭頓·思懷茲 Brenton Thwaites 飾）只是一介平凡的人類竊賊，卻在意外之中成為了拯救人類的唯一希望。為了對抗強大的賽特，他千里迢迢找到了荷魯斯，向他尋求幫助。就這樣，一人一神的奇怪組合成立了。為了重新獲得力量，荷魯斯必須奪回他的眼睛，以此為目標，一行人踏上了旅途

　第二集中，尼奧（基努·里維斯 Keanu Reeves 飾）沒有能從內部摧毀“母體”，他的身體在真實世界的飛船上陷于昏迷，思想卻被困在介于“母體”和真實世界的中間地帶，這個地方由“火車人”控制。墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾）等人知道了尼奧的情況，在守護天使的帶領下， 找到了“火車人”的控制者梅羅紋奇，經過一番激斗，將尼奧救了出來。　　此時，電子烏賊部隊對錫安發起了猛烈的攻擊，人類組織所有機甲戰士展開頑強的抵抗，形勢危在旦夕；尼奧和崔妮蒂駕駛了一艘飛船克服重重困難，到達機器城市，尼奧終于見到了機器世界的統治者“機器大帝”，雙方談判并達成了協議：尼奧除掉不受“母體”控制的史密斯，以換取錫安的和平。
　　在“母體”中，尼奧和史密斯展開了關系人類生死存亡的最后決斗