故事發生在東京八丈島近海，一座將全球各地警方監控相連接的高科技設施——“太平洋浮標”即將啟動。為了與歐洲刑警組織管轄的范圍聯網，來自世界各地的工程師聚集在這里。基于人臉識別的全新“黑科技”也正在測試中…… 與此同時，柯南一行人前往八丈島觀鯨，途中柯南接到沖矢昴（赤井秀一）的電話，被告知歐洲刑警組織成員在德國遭到琴酒的殺害。為調查真相的柯南潛入“太平洋浮標”。正當工程師們正在為系統啟動而展開準備工作時，一樁案件突然發生！一名女工程師被黑暗組織綁架，她手中存有核心技術的U盤也落入了黑暗組織手中！
此時，水下傳來未知潛水艇逼近的聲音，令人毛骨悚然，一個神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……