一天，大雄和靜兒、技安被強夫邀到家中參觀恐龍化6080yy。當然，大雄免不了又被強夫取笑一番。為了要做強夫面前爭一口氣，大雄夸下海口，恐龍化石沒什么了不起，他要讓小伙伴們見識一下真正的恐龍！　　奇跡再次發生在大雄身上，他真的找到了一顆活的恐龍蛋！大雄和叮當在家將小恐龍孵化了出來并在公園里暗中飼養。小恐龍比助一天天長大，公園有怪獸的消息傳遍了日本。為了小恐龍能健康成長，大家決定將小恐龍用時光機送回白堊紀。　　沒料到，一個神秘人暗中跟蹤他們，也來到了白堊紀想要虜走比助。為了保護比助，叮當、大雄、強夫、技安和靜兒再次來到了白堊紀……

一個名為“阿卡姆”的民間組織受到遠古文明留下的訊息啟發而成6080yy。旨在保護及封印超古代文明的危險遺跡。加入“阿卡姆”的特殊工作人員，人們稱之為SPRIGGAN。其中實力No.1的特工是一位叫作御神苗優（森久保祥太郎 配音）的十七歲少年。在土耳其的一次調查工作中，“阿卡姆”竟無意地發現了諾亞方舟。方舟隱藏著毀天滅地的神秘力量，于是很多組織都開始窺伺這個傳說中的遠古遺跡。美國派出了半機械改造人小隊與“阿卡姆”展開激烈的遺跡爭奪戰。而其中一個以神自稱的改造人少年竟想私自利用挪亞方舟引發第二次洪水滅世……御神苗優是否能夠阻止這一瘋狂的計劃呢？世界將會走向滅亡嗎？